الزعتر هو عشبة مليئة بالعديد من الفوائد الصحية ، فأزهارها وأوراقها و زيوتها كلها لها استعمالات علاجية في حال تم استعمالها لوحدها أو مخلوطة مع أعشاب اخرى ، فهي تحتوي على معادن وفيتامينات ضرورية لحياة صحية. تضفي عشبة الزعتر نكهة قوية على الطعام لذلك يجب استعمالها باعتدال ، وللحفاظ على نكهتها يجب استعمالها في اللمسات الأخيرة (أي بدون طبخها) حتى لا تتطاير زيوتها الأساسية. وهناك طرق عديدة لاستعمال الزعتر في الطعام؛ كإعداد الشاي بالزعتر ، أو في الشوربات والصلصات ، أو البهارات ، أو حشو الدجاج والسمك واللحم.
ويستعمل الزعتر علاجياً عبر تناوله عن طريق الفم في حالات التهاب القصبات الهوائية ، والسعال الديكي ، والتهاب الحلق ، والمغص ، والتهاب المفاصل ، واضطرابات المعدة ، وآلام البطن ، والإسهال ، والتبول الليلي ، والاضطرابات الحركية في الأطفال (dyspraxia) ، والنفخة ، وعدوى الدودة الطفيلية ، والمشاكل الجلدية ، وتحفيز الشهية ، ويمكن أيضاً استعماله كمدر أو مطهر للبول.
ويستعمل بعض الناس الزعتر بشكل مباشر على الجلد كما و يفيد مضغه و بلعه في حالة بحة الصوت ، وتورم اللوزتين ، وتقرحات الفم ، ورائحة النفس الكريهة. ويُستعمل زيت عشبة الزعتر كمعقم (قاتل للجراثيم) في غسول الفم والمراهم ، وأيضاً لعلاج الصلع عبر وضع معجونه على فروة الرأس ( يفيد عند البعض فقط) ، وفي الأذنين لمكافحة العدوى البكتيرية او الفطرية. ويستعمل الثايمول (Thymol) وهو مركب كيميائي في الزعتر مع مركب كيميائي آخر (chlorhexidine) كورنيش للأسنان لمنع التسوس.
وفي الصناعة يستعمل زيت عشبة الزعتر الأحمر في العطور والصابون ومعاجين الأسنان وفي الصناعات التجميلية.